隨著水產(chǎn)養(yǎng)殖的迅速發(fā)展，同時帶來很多嚴重的問題，如：漁業(yè)尤其是集約化養(yǎng)殖的次生污染，越來越引起關(guān)注。
(1)湖泊、池塘的施肥養(yǎng)魚。Ou等(2003)在大通湖（114 km2，洞庭湖的一部分）的研究發(fā)現(xiàn)，每年約投入8500噸肥料，而90%的肥料將會沉積在湖泊中，通過計算，洞庭湖每年投放的肥料達8萬噸，而每年將有8600噸氮和4000噸磷沉積在湖泊中(Boyd etal，1998)。2001年的調(diào)查發(fā)現(xiàn)，洞庭湖的五個子湖的均為富營養(yǎng)化或超富營養(yǎng)化。陳宇順等（未發(fā)表）的研究發(fā)現(xiàn)，隨著池塘養(yǎng)殖中肥料／飼料比例的增加，氮磷的排放呈線性增加。
(2)飼料的生長和利用效率低。盡管水產(chǎn)飼料在過去的幾年內(nèi)發(fā)展很快，但是飼料質(zhì)量仍然需要提高。目前的飼料系數(shù)大多數(shù)均高于1.5，這不僅浪費了在我國仍然十分緊缺的飼料原料，造成水產(chǎn)與人、與畜禽爭糧食的問題，而且造成漁業(yè)污染。在有些較好的飼料中，氮磷的排放可低于30%。有些漁民仍然使用飼料原料投喂，這會導(dǎo)致很高的飼料系數(shù)和飼料成本，在有些水體中甚至其經(jīng)濟效益低于不投喂的情況(Xie，1997)。由于飼料系數(shù)高和由此引發(fā)的其他問題，飼料成本通常占養(yǎng)殖成本的60%以上，這嚴重阻礙了養(yǎng)殖業(yè)的發(fā)展。
富通新能源銷售的秸稈顆粒機是養(yǎng)殖戶們生產(chǎn)顆粒飼料很好的選擇。
(3)水產(chǎn)養(yǎng)殖氮磷排放高。水產(chǎn)養(yǎng)殖大量的氮磷排放進入天然水體，最終導(dǎo)致的湖泊和近海的富營養(yǎng)化，富營養(yǎng)化又會破壞水生態(tài)系統(tǒng)、引發(fā)魚病爆發(fā)、食品安全問題等一系列問題。
(4)魚肉品質(zhì)下降。在我國，野生的魚類價格可能是養(yǎng)殖產(chǎn)品的1.5～10倍，這主要是因為野生魚類具有較好的食用口感等。水產(chǎn)養(yǎng)殖尤其是集約化養(yǎng)殖造成的魚肉品質(zhì)下降不僅會影響產(chǎn)品的價格，甚至對某些養(yǎng)殖業(yè)是毀滅性的災(zāi)難。另外，來自水體和飼料中的有毒有害物質(zhì)如藻毒素、POPs、二惡英、抗營養(yǎng)因子、激素、重金屬等均會帶來食品安全問題(Xu, et al., 1999; Xie, et al., 2004;Chen and Xie, 2005a,b; Hui,et al., 2005;Jiang，2005)。如異育銀鯽攝食含棉粕飼料時，其肌肉中棉酚呈線性積累（圖1）。富營養(yǎng)化的水體（以前俗稱的綠水）產(chǎn)生的藻毒素同樣可以在預(yù)提的積累，最近的研究發(fā)現(xiàn)，尼羅羅非魚或其他水產(chǎn)動物肌肉中積累的藻毒素含量甚至可超過WHO的標準（圖2，圖3）(Chen et al., 2005; Zhao, 2006)。
(5)不合理的飼料配方和較差的水質(zhì)往往會導(dǎo)致嚴重的魚病問題。據(jù)統(tǒng)計，2001～2004間，我國每年的魚病直接經(jīng)濟損失達100—150億元人民幣，而對這些魚病的處理通常會導(dǎo)致新的食物安全問題，如抗生素等(Li，et al．，2001)。
為了解決這些問題，我國的科研工作主要集中在品種選擇、飼料配方優(yōu)化和投喂模式優(yōu)化等幾個方面：
1、品種選擇
在以往的養(yǎng)殖品種選育方面，多側(cè)重于較高的生長速度和容易操作，而隨著對環(huán)境保護的要求，對其飼料利用和廢物排放更加關(guān)注。在對品種的評價方面，引人生物能量學(xué)中的能量收支概念。對幾種魚類（鯉，C. carpio;莫桑比克羅非魚，O. mossambicus:黃顙魚，P．fulvidraco;異育銀鯽，C. auratus;鱖，M．chinensis；烏鱧，P．para）能量收支的比較研究發(fā)現(xiàn)，盡管羅非魚的生長效率較高(33.3%)，其廢物排放比例也最高(16.9%)，對9種淡水魚類的比較研究發(fā)現(xiàn)，DL品系異育銀鯽、鱖、烏鱧生長效率較高而廢物排放低(Cui and Liu，1990; Xie，1997; Liu，1998)。
2、飼料配方
對飼料配方的改進包括營養(yǎng)平衡、降低氮磷排放、減少冰鮮魚的使用及補充飼料的應(yīng)用等。
營養(yǎng)需求是飼料配方的基礎(chǔ)，目前的研究包括蛋白質(zhì)、氨基酸、脂肪、脂肪酸、無機鹽和維生素等(Li，1990; Xie and Yang，1995; Xie et al．，1997; Yan，2004; Zhou，et al.，2006)，消化率的測定對飼料配方十分重要(Lei，et al.，1996)，但是目前這方面的數(shù)據(jù)十分缺乏。
為了降低氮磷排泄，目前研究主要幾種在提高飼料的適口性、提高消化率、合理的可消化能／可消化蛋白比、利用脂肪和碳水化合物替代蛋白、降低魚粉的用量、選擇合適的飼料蛋白源及使用酶制劑等(Xue et al．，2004; Yang et al，2004ab)。如通過研究，對于異育銀鯽而言，合理的飼料配方可降低氮磷排放，生產(chǎn)1噸異育銀鯽，通過合理的飼料配方可降低26.6kg氨排放，降低70.2kg磷排放，并可以降低飼料成本(Zhou，2003)，飼料中添加誘食劑可有效地提高飼料的適口性(Xue，2002)。
飼料中脂肪或碳水化合物比例的增加，可一定程度提高蛋白貯積、降低氮排泄，且不同的飼料碳水化合物的作用不同(Tan，2005)。飼料中碳水化合物／脂肪比例的增加可增加異育銀鯽和長吻籩飼料的干物質(zhì)消化率(Tan，2005)。飼料中豆粕替代魚粉蛋白后，可降低15%的磷排放(Zhang，2006)。異育銀鯽在攝食不同蛋白源時，其蛋白利用和能量利用均不同（圖4，圖，5）(Xie et al.，2001. Zhang etal.，in press)，異育銀鯽飼料中使用肉骨粉可降低飼料干物質(zhì)、蛋白和磷的消化率而提高了氮磷的排放（表1），飼料中添加檸檬酸和維生索D可有效降低氮磷排泄(Zhang．2006)。
在中國及其他發(fā)展中國家，半精養(yǎng)漁業(yè)仍然十分廣泛，在這樣的養(yǎng)殖系統(tǒng)中，魚類尤其是雜食性魚類，可以從水體中獲得一部分天然餌料，這將有助于降低配合飼料中營養(yǎng)物的含量。利用生物能量學(xué)模型可有效地估算天然餌料對魚類生長的貢獻量，從而確定補充營養(yǎng)的量(Xie，1997; Xie et a1．，1998)。
海水養(yǎng)殖中冰鮮魚的使用帶來較大的資源破壞和環(huán)境污染，合理的飼料配方可以獲得較高的生長和飼料利用，可完全替代冰鮮魚，并且有效地降低氮排泄(Yan，2004)。
3、水產(chǎn)養(yǎng)殖管理
合理的管理可降低漁業(yè)的次生污染，包括養(yǎng)殖系統(tǒng)（網(wǎng)箱）的位置、投喂策略和生態(tài)養(yǎng)殖等。
Guo and 11 (2003)曾報道，在長江中下游淡水湖泊中，為了保證自凈能力，網(wǎng)箱的安置至少應(yīng)該是50 m的距離。投喂表通常包括投喂頻率、投喂率和投喂節(jié)律。目前，利用生物能量學(xué)模型可估算生長和營養(yǎng)需求，從而建立了動態(tài)的的投喂表，研究結(jié)果表明，應(yīng)用合理的投喂表，生產(chǎn)1噸異育銀鯽可減少0.86噸飼料投入，降低31kg氨氮排放；生產(chǎn)1噸長吻鮑，可節(jié)省0.27噸飼料，降低21.7kg氨氮排放和7 kg磷排放(Table 2)(Zhou，20021 Han，2005. Zhou et al.，2006)。能量學(xué)模型還可以用來估算湖泊中網(wǎng)箱養(yǎng)殖魚類的廢物排放。在有些魚類，在一段時間的食物缺乏后，如果重新獲得食物，會具有一定的補償生長能力，在補償生長期間，通常具有較高的飼料轉(zhuǎn)化效率和低的氮排放(Zhu et al.，2004; 2005)，因此，利用魚類的補償生長也許可有效的降低漁業(yè)的氮排放。生態(tài)漁業(yè)的概念是在傳統(tǒng)的復(fù)合養(yǎng)殖或混養(yǎng)的基礎(chǔ)上發(fā)展而來的，包括養(yǎng)殖不同食性的魚類來提高營養(yǎng)物的利用，種植水生植物等來去除氮磷等有機物等。
